Всесоюзний науково-дослідний інститут з охорони вод (ВНДІВО) було створено 31 березня 1971 р. на базі Харківських науково-дослідних лабораторій Всесоюзного науково-дослідного інституту гідротехніки і меліорації ім. О. М. Костякова наказом Мінводгоспу СРСР від 31 березня 1971р. № 77 згідно рішенню колегії Держкомітету СРСР з науки і техніки від 19 березня 1971 р. № 18.
Наказом Мінприроди України від 29 листопада 1991 р. № 40 на підставі Указу Президії Верховної Ради України від 30 серпня 1991 р. та Постанови Кабінету Міністрів України від 24 серпня 1991 р. № 227 ВНДІВО перейменовано в Український науковий центр охорони вод (УкрНЦОВ) і передано в підпорядкування Мінприроди України.
Наказом Мінекобезпеки України від 25 лютого 1997 р. № 24 УкрНЦОВ реорганізовано в Український науково-дослідний інститут екологічних проблем (УкрНДІЕП) Мінекобезпеки України.
Згідно з Указом Президента України від 15 грудня 1999 р. № 1573/99 УкрНДІЕП підпорядковано Міністерству екології та природних ресурсів України.
Наказом Мінприроди України від 16 жовтня 2013 р. № 425 державне підприємство «Український науково-дослідний інститут екологічних проблем» перетворено в науково-дослідну установу «Український науково-дослідний інститут екологічних проблем» (УКРНДІЕП).
Основними напрямами діяльності установи є:
- розроблення правових, нормативних, економічних та організаційних основ управління природоохоронною діяльністю;
- розвиток наукових основ екологічного моніторингу та управління екологічним станом вод річкових басейнів;
- вирішення наукових проблем екологічної експертизи та екологічного аудиту;
- розроблення комплексних природо- та водоохоронних заходів на регіональному, галузевому рівнях, а також на рівні окремих підприємств і об’єктів господарювання;
- розроблення заходів з ліквідації наслідків надзвичайних екологічних ситуацій природного та антропогенного походження;
- розроблення систем та методів управління промисловими відходами;
- аналіз стану повітряного басейну та розроблення заходів щодо його охорони;
- наукове забезпечення розвитку мереж природних територій, що підлягають особливій охороні;
- науково-методичне забезпечення діяльності державних установ, які здійснюють управління у сфері охорони навколишнього природного середовища, екологічної безпеки та природокористування;
- розроблення, вдосконалення та впровадження метрологічного забезпечення вимірювань у природоохоронній галузі, у т. ч. методик їх вимірювань;
- підготовка спеціалістів вищої наукової кваліфікації.
В УКРНДІЕП діє Аналітичний центр (АЦ), акредитований Держстандартом України на право проведення вимірів у сфері робіт із забезпечення захисту життя й здоров'я громадян, контролю якості й безпеки продуктів харчування, контролю стану навколишнього природного середовища.
Основні напрямки наукової діяльності АЦ:
- нормативно-методичне та метрологічне забезпечення хіміко-аналітичного моніторингу об’єктів довкілля і контролю джерел їх забруднення (розроблення та атестація методик виконання вимірювань, впровадження програм міжлабораторного зіставлення результатів вимірювань тощо);
- аналітичні дослідження, у т. ч. арбітражні на базі ідентифікації та кількісного визначення складу і властивостей об’єктів довкілля, скидів, викидів, відходів.